Финансовые проблемы продолжали преследовать клуб и в 80-х. Данное обстоятельство не позволяло дортмундцам играть значимую роль в Бундеслиге. В 1986 году BVB был также под угрозой вылета, но лишь победа в последнем матче позволила сохранить прописку в бундеслиге. Первый трофей, после долгого перерыва был выигран лишь в 1989 году. В финале Кубка Германии со счётом 4:1 был обыгран «Вердер».
1990-е годы и современное время
Настоящий расцвет «Боруссии» начался в 1991 году с приходом на пост главного тренера Оттмара Хитцфельда. В первом же сезоне дортмундцы заняли второе место, уступив «Штутгарту» лишь по разнице забитых и пропущенных, а в сезоне 1992/1993 BVB дошёл до финала Кубка УЕФА, в котором проиграл «Ювентусу» с общим счётом 1:6. Призовые деньги, полученные за успешное выступление в кубке, были потрачены на приобретение игроков, которые и принесли клубу последующие трофеи.

В 1995 и 1996 годах «Боруссия» стала сильнейшем клубом Германии, а в 1997 и всей Европы. В 1/4 был пройден «Осер», в 1/2 — «Манчестер Юнайтед» и наконец в финале в Мюнхене был обыгран «Ювентус» со счётом 3:1. А по итогам сезона Маттиас Заммер был назван лучшим игроком Европы. Сразу после финала, сославшись на усталость ушел главный творец успеха «Боруссии» — Оттмар Хицфельд. В этом же году в Токио был завоёван Межконтинентальный кубок. «Боруссия» обыграла бразильский «Крузейро».

Последний чемпионский титул был завоёван в 2002 году под руководством Маттиаса Заммера. Также в этом сезоне дортмундцы дошли до финала Кубка УЕФА, где уступили в Роттердаме голландскому «Фейеноорду» со счётом 2:3.