В 1941 году клуб сменил название на «Атлетико Бильбао», следуя лингвистической политике Франко, согласно которой все неиспаноязычные имена и названия были запрещены. Обструкции подверглось и правило, по которому только уроженцы Страны Басков могут играть в команде. В том же году свой дебют совершил Сарра. За следующие 13 сезонов он забил 294 гола во всех соревнованиях за Атлетико, плюс ещё 20 за Испанскую национальную сборную. Его 38 голов в сезоне 1950/1951 до сих пор являются непобитым рекордом. Ещё одним великим игроком той эпохи считается Панисо. В 1943 году клуб выиграл Ла Лигу и Кубок Генералиссимуса, второй трофей они сумели сохранить за собой в 1944 и 1945 годах.

В начале 1950ых клуб располагал легендарной атакующей линией: Сарра, Панисо, Рафа Ириондо, Венансио и Агустин Гаинса. Они помогли команде выиграть очередной Кубок Генералиссимуса в 1950ом. Появление в качестве главного тренера Фердинанда Даучика позволило развить успех. Он привёл команду к новому дублю в 1956ом и к обладанию Кубком Генералиссимуса в 1955 и 1958. При нём клуб в 1956 дебютировал в Кубке европейских чемпионов и в четвертьфинале был побеждён клубом «Манчестер Юнайтед».

Что играло на руку клубу в достижении успехов в тридцатых, сороковых и пятидесятых годах - это лимит на иностранных игроков. В большинстве случаев клуб мог иметь только трёх легионеров в своём составе, а это означало, что на поле выходили как минимум восемь доморощенных футболистов. В то время как «Реал Мадрид» и «Барселона» обходили это правило, используя игроков с двойным гражданством, таких как Альфредо Ди Стефано, Ференц Пушкаш, Хосе Сантамария и Ладислао Кубала, «Атлетик» строго придерживался своей политики кантеры. В течение шестидесятых годов в Испании доминировал «Реал Мадрид», и «Атлетику Бильбао» удалось выиграть лишь Кубок Короля в 1969 году.

Как и другие зарубежные команды, клуб стал использовать правило, по которому в команду можно было брать игроков, у которых были баскские корни, но им необязательно было родиться в Стране Басков. Это позволило рождённому в Барселоне Армандо Меродио играть за «Атлетик». В то же время такие игроки как Хесус Мария Переда, Мигель Хонес и Хосе Гарате не были удостоены внимания. Хотя никто из не был баском от рождения, все трое выросли в Стране Басков и могли классифицироваться как натурализованные баски. У Гарате родители и вовсе были баскского происхождения.

Позитивной стороной шестидесятых стало восхождение легенды клуба Хосе Анхеля Ирибара. Семидесятые не принесли с собой кардинальных изменений, и единственным трофеем стал Кубок Короля в 1973 году. В декабре 1976 перед началом игры с «Реалом Сосьедад» Ирибар и капитан «Реала» Игнасио Кортабарриа вынесли флаг Страны Басков и торжественно установили его в центральном круге. Это было первая публичная демонстрация флага с момента смерти Франко. В 1977 году клуб достиг финала Кубка УЕФА, проиграв по правилу мячей, забитых на выезде, «Ювентусу». С тех пор клуб вернул себе название «Атлетик Бильбао».

Эль Бомбин

В 1921 году из клуба «Расинг Сантандер» прибыл новый тренер Фред Пентлэнд. В 1923 году он привёл клуб к победе в Кубке Короля. Он совершил революцию в манере игры «Атлетика», возведя в абсолют игру в короткий пас. В 1927 он оставил Атлетик и в дальнейшем тренировал «Атлетико Мадрид», «Реал Овьедо» и Испанскую сборную. В 1929 году он вернулся в «Атлетик» и привёл команду последовательно к двум дублям (победам в Ла Лиге и Кубке Короля одновременно) в 1930 и 1931 годах. Клуб выиграл Кубок Короля четыре раза подряд в период между 1930 и 1933, к тому же они заняли второе место в Ла Лиге в 1932 и 1933 годах. В 1931 году «Атлетик» также нанёс «Барселоне» самое позорное поражение в её истории - 12-1.

Атлетико Бильбао

В 1941 году клуб сменил название на «Атлетико Бильбао», следуя лингвистической политике Франко, согласно которой все неиспаноязычные имена и названия были запрещены. Обструкции подверглось и правило, по которому только уроженцы Страны Басков могут играть в команде. В том же году свой дебют совершил Сарра. За следующие 13 сезонов он забил 294 гола во всех соревнованиях за Атлетико, плюс ещё 20 за Испанскую национальную сборную. Его 38 голов в сезоне 1950/1951 до сих пор являются непобитым рекордом. Ещё одним великим игроком той эпохи считается Панисо. В 1943 году клуб выиграл Ла Лигу и Кубок Генералиссимуса, второй трофей они сумели сохранить за собой в 1944 и 1945 годах.

В начале 1950ых клуб располагал легендарной атакующей линией: Сарра, Панисо, Рафа Ириондо, Венансио и Агустин Гаинса. Они помогли команде выиграть очередной Кубок Генералиссимуса в 1950ом. Появление в качестве главного тренера Фердинанда Даучика позволило развить успех. Он привёл команду к новому дублю в 1956ом и к обладанию Кубком Генералиссимуса в 1955 и 1958. При нём клуб в 1956 дебютировал в Кубке европейских чемпионов и в четвертьфинале был побеждён клубом «Манчестер Юнайтед».

Что играло на руку клубу в достижении успехов в тридцатых, сороковых и пятидесятых годах - это лимит на иностранных игроков. В большинстве случаев клуб мог иметь только трёх легионеров в своём составе, а это означало, что на поле выходили как минимум восемь доморощенных футболистов. В то время как «Реал Мадрид» и «Барселона» обходили это правило, используя игроков с двойным гражданством, таких как Альфредо Ди Стефано, Ференц Пушкаш, Хосе Сантамария и Ладислао Кубала, «Атлетик» строго придерживался своей политики кантеры. В течение шестидесятых годов в Испании доминировал «Реал Мадрид», и «Атлетику Бильбао» удалось выиграть лишь Кубок Короля в 1969 году.

Как и другие зарубежные команды, клуб стал использовать правило, по которому в команду можно было брать игроков, у которых были баскские корни, но им необязательно было родиться в Стране Басков. Это позволило рождённому в Барселоне Армандо Меродио играть за «Атлетик». В то же время такие игроки как Хесус Мария Переда, Мигель Хонес и Хосе Гарате не были удостоены внимания. Хотя никто из не был баском от рождения, все трое выросли в Стране Басков и могли классифицироваться как натурализованные баски. У Гарате родители и вовсе были баскского происхождения.

Позитивной стороной шестидесятых стало восхождение легенды клуба Хосе Анхеля Ирибара. Семидесятые не принесли с собой кардинальных изменений, и единственным трофеем стал Кубок Короля в 1973 году. В декабре 1976 перед началом игры с «Реалом Сосьедад» Ирибар и капитан «Реала» Игнасио Кортабарриа вынесли флаг Страны Басков и торжественно установили его в центральном круге. Это было первая публичная демонстрация флага с момента смерти Франко. В 1977 году клуб достиг финала Кубка УЕФА, проиграв по правилу мячей, забитых на выезде, «Ювентусу». С тех пор клуб вернул себе название «Атлетик Бильбао».

Эра Клементе

В 1981 году клуб назначил Хавьера Клементе на пост главного тренера. И вскоре тому удалось создать одну из самых успешных команд «Атлетика» за всю историю. Молодые игроки из кантеры Сантьяго Уркиага, Мигель Де Андрес, Исмаэль Уртуби, Эстанислао Арготе и Андони Субисаррета присоединились к ветеранам, таким как Дани и Андони Гойкоэчеа. В первый же сезон под своим руководством, Клементе привёл команду к 4 месту в Ла Лиге. В 1983 году клуб выиграл Ла Лигу, а в 1984 сделал дубль. В 1985 и 1986 годах «Атлетик» финишировал третьим и четвёртым соответственно. Клементе сделал клуб, который был узнаваем за агрессивный стиль игры, настоящим воплощением которого был Гойкоэчеа. Тренер предпочитал иметь двух опорных полузащитников перед двумя центральными защитниками и либеро, и за это команду прозывали не слишком эффектной, зато эффективной.

«Атлетик» не смог выиграть ни одного трофея с тех пор, как завершилась эра Клементе. Приглашение таких успешных тренеров как Хосе Анхель Ирибар, Ховард Кендэлл, Юп Хейнкес и Хавьер Ирурета и даже последующее возвращение Клементе не смогло возродить былого успеха.

Эра Фернандеса

Самым успешным тренером Атлетика после Клементе был Луис Фернандес, приглашённый в 1996. В 1998 году он привёл клуб ко второму месту в Ла Лиге и возможности сыграть в Лиге Чемпионов. Фернандес либерализовал условия политики кантеры. Теперь за «Атлетик» играть мог всякий, кто начинал футбольную карьеру в Стране Басков. Так получили возможность сыграть в команде уроженец Саламанки Патчи Феррейра и Биуррун, рождённый в Бразилии игрок, эмигрировавший в автономную область в совсем юном возрасте.

Кантера также расширила свою зону влияния на Франко-баскскую провинцию, Риоху и Наварру. Это изменение в уставе позволило Фернандесу подписать Биксана Лизаразю, первого в клубе баска, родившегося во Франции, следующими стали Исмаэль Урсаис и Хосе Мари. Атлетик также стал брать игроков из кантер других баскских клубов. В 1995 Атлетик подписал Хосеба Эчеберрия из Реала Сосьедад, подпортив отношения двух клубов. Хотя Лизаразю покинул клуб после одного сезона, Урсаис, Хосе Мари и Эчеберрия стали основными фигурами в составе сезона 1997/1998 наряду с Рафаэлем Алькортой, Хуленом Герреро и Патчи Феррейрой.