После выигрыша Кубка Футбольной лиги в 1976 году, клуб не выиграл ни одного трофея за 35 лет. В 1990-е годы «Манчестер Сити» дважды опускался в более нижний дивизион в течение трёх лет, проведя сезон 1998/99 в третьем по значимости дивизоне английского футбола. После этого клуб вернулся в высший дивизион, в котором выступает до сих пор. В 2008 году «Манчестер Сити» был приобретён компанией Abu Dhabi United Group, что обеспечило клубу значительную финансовую мощь и позволило осуществить трансферы высокооплачиваемых футболистов. Главным тренером клуба в настоящее время является итальянский специалист Роберто Манчини.
Начало XXI века
В 2002 году «Манчестер Сити» вернулся в Премьер-Лигу. Перед началом сезона клуб сделал несколько серьёзных приобретений. Ряды «манкунианцев» пополнили вратарь Петер Шмейхель, защитники Сильвен Дистен и Давид Соммель, хавбеки Марк-Вивьен Фоэ и Висенте Матиас Вуосо, за 17,5 млн. фунтов у французского «ПСЖ» был куплен Николя Анелька, зимой перешёл ещё один нападающий - Робби Фаулер. По итогам чемпионата «горожане» заняли девятое место в Премьер-лиге и получили право на участие в Кубке УЕФА, по правилу Fair Play (они стали вторым английским клубом, получившим такое право). 2003 год стал последним для игры на стадионе «Мейн Роуд». В том же году команда переехала на новенький 48-тысячный «Сити оф Манчестер», который сами болельщики называют «Истлэндс». При всех изменениях к лучшему общие спортивные показатели «Манчестер Сити» оставались далеко не выдающимися. Увольнение 11 марта 2005 года главного тренера Кевина Кигана и назначение его помощника Стюарта Пирса, покупка в 2006 году Андреаса Исакссона, Дитмара Хаманна и Бернардо Корради не изменили картины.

Летом 2007 года через компанию UK Sports Investments за 43 млн. долларов (плюс 119 млн. долларов долгов) клуб был приобретён тайландской семьёй во главе с бизнесменом и бывшим премьер-министром азиатского государства Таксином Чиннаватом. Новые владельцы обязались «осуществлять дальнейшие значительные вложения в клуб». "Вложениями" стали подписание 6 июля 2007 года трёхлетнего контракта с известным шведским тренером Свеном-Ёраном Эрикссоном и трансферы Ведрана Чорлуки, Хавьера Гарридо, Желсона Фернандеша, Мартина Петрова, Элано, Бенджани Мварувари, Валерия Божинова. В сезоне клуб дважды победил в манчестерских дерби, но в чемпионате финишировал лишь девятым, проиграв последний матч скромному «Мидлсбро» со счётом 1:8. По итогам руководство «Манчестер Сити» 2 июня 2008 года отправило Эрикссона в отставку и назначило тренером валлийца Марка Хьюза.

Летом 2008 года новым владельцем клуба стала инвестиционная группа Abu Dhabi United Group (ADUG) из ОАЭ. Владелец финансовой структуры шейх Мансур бин Зайед Аль Нахьян выкупил у Чиннавата сначала 90% акций «горожан», а ещё через год приобрёл оставшиеся 10% . Таким образом, ADUG стал единственным и полноправным владельцем «Манчестер Сити». Немедленно была поставлена задача в кратчайшие сроки войти в число топ-клубов Старого света. «Чтобы одолеть такие команды, как «Челси» и «Барселона», необходимо приобрести минимум 22 звезды первой величины. Деньги — не проблема. Главное, чтобы в моей команде на каждой позиции играл топ-футболист...» - заявлял шейх Мансур . Тем же летом были приобретены защитники Пабло Сабалета, Венсан Компани, Таль Бен-Хаим и Глаубер, из «Челси» вернулся полузащитник Шон Райт-Филлипс, у московского ЦСКА более чем за 21 млн. фунтов прикупили перспективного бразильского нападающего Жо. В зимнее трансферное окно «Манчестер Сити» был ещё более ативен: команду пополнили опытный голкипер Шэй Гивен и молодой вратарь Гуннар Нильсен, защитник Уэйн Бридж, опорный хавбек Найджел Де Йонг, а также два нападающих - Крэйг Беллами и купленный у мадридского «Реала» почти за 38 млн. фунтов Робиньо. Однако команда продемонстрировала ещё худший результат, чем в предыдущем сезоне - 10-е место.

Несмотря на многочисленные слухи о намерении руководства усилить тренерскую позицию, сезон 2009-2010 годов «Манчестер Сити» начал под руководством Марка Хьюза. «Горожане» всё же продолжили свою трансферную политику. Летом из «Астон Виллы» пришли вратарь Стюарт Тейлор и полузащитник сборной Англии Гарет Бэрри, из «Барселоны» защитник Силвиньо, из лондонского «Арсенала» защитник Коло Туре и форвард Эммануэль Адебайор, у «Эвертона» за 24 милиона фунтов был куплен центральный защитник Джолеон Лескотт, а у «Манчестер Юнайтед» и «Блэкберна» - форварды Карлос Тевес и Роке Санта Крус за 25,5 и почти 19 миллионов фунтов соответственно. Но в 11 матчах премьер-лиги были одержаны всего 2 победы, и 19 декабря 2009 года руководство приняло решение расстаться с Марком Хьюзом. На его место пригласили итальянского специалиста Роберто Манчини. Зимой к звёздной компании прибавились чемпион мира и Европы Патрик Виейра и молодой хавбек Адам Джонсон, а команда заняла 5-е место в чемпионате, что позволило ей выйти в Лигу Европы.

Летом 2010 года «Манчестер Сити» стал главным ньюсмейкером Европы на трансферном рынке. Команду пополнили защитники Александр Коларов (20 млн. фунтов) и Жером Боатенг (11 млн. фунтов), хавбеки Яя Туре (26,4 млн. фунтов), Джеймс Милнер (19,3 млн. фунтов) и Давид Сильва (25,3 млн. фунтов), один из лучших молодых форвардов Старого света Марио Балотелли (26 млн. фунтов) . При этом «Сити» расстался с защитниками Силвиньо (завершил карьеру) и Хавьером Гарридо, полузащитниками Мартином Петровым и Стивеном Айрлендом, нападающими Бенджани Мварувари и Робиньо, перешедшим в «Милан». Дела «горожан» пошли в гору как во внутреннем первенстве, так и в Лиге Европы. А с зимним приобретением боснийского нападающего Эдина Джеко за 27 млн. фунтов количество денег, потраченных шейхом Мансуром на «Манчестер Сити», включая трансферы и зарплаты тренеров и игроков, составило около миллиарда фунтов.